10月29日下午，协同中心借助多方视频系统组织召开了申报教育部2013年认定工作研讨会。协同中心的理事长、复旦大学副校长金力教授和中国科学院大连化学物理研究所所长张涛研究员，协同中心理事、厦门大学副校长金能明和中国科学技术大学副校长朱长飞教授，协同中心三位主任田中群院士、赵东元院士和李灿院士，协同中心副主任黄培强教授，协同中心秘书长江云宝教授、唐颐教授、杨金龙教授和毛志远处长，以及中国科学技术大学副校长陈初升教授等多位协同中心成员分别在厦门、上海、合肥和大连出席会议。座谈会由李灿主任主持。

田中群主任首先汇报了教育部关于2011计划的新精神、中心建设成效和需要共同讨论的事议。随后，金能明、金力、朱长飞和张涛分别对协同中心的近期成效表示充分肯定，同时表示厦门大学、复旦大学、中国科技大学和中科院大连化物所将会从各方面全力支持本轮的认定申报工作，尽最大努力确保第二次认定成功。各分会场代表围绕今年申报形势、申请书材料组织、科学问题凝练等问题展开积极讨论，并商定由各核心单位秘书长带队在厦门召开的申请书讨论会于11月2日举行。最后，赵东元主任做总结讲话，他表示本次视频座谈会信息量大、讨论充分，明确了下一步工作，在准备申报的关键时刻举行取得了很好的效果，他还补充说明复旦大学将齐心协力在重点实验室、分平台和国际联合实验室建设等方面为中心发展添砖加瓦。