该标志由图示和文字上下两部分组成。

上部图示部分，以蓝、橙、绿三色单元构成首尾呼应、相互衔接的球体，体现中心开放包容、多元融合、协同创新的理念，寓意由厦门大学、复旦大学、中国科学技术大学和中国科学院大连化学物理研究所为核心单位的协同体，紧紧围绕碳资源优化利用、化学储能与转化、太阳能转化化学三个重点研究领域为主攻方向，以合成制备、理论模拟、仪器方法三个学术支撑为主要依托，开展人才培养、学科建设和科学研究三位一体的协同创新。球体中心，是腾飞向上的火凤凰型，同时构成字母“E”型。火，是人类最原始的能源使用形式；火凤凰，是向往太阳的美丽神鸟；“E”是“Energy”的首字母。象征着中心在能源材料化学研究领域蒸蒸日上的美好前景。

下部文字部分，数字“2011”代表“高等学校创新能力提升计划”的简称“2011计划”。“i”，既是“Innovation”（创新），也是“International”（国际化），代表了中心国际化的创新理念。其拟人化造型，活泼动感，体现中心全体人员奋力拼搏，跨越发展的信念。“ChEM”，既是中心英文名称“Center of Chemistry for Energy Materials”的缩写，也是英文 Chemistry（化学）的缩写，其中小写的h，还代表和谐（harmonize）之意，体现中心以化学为基础，材料为载体，能源为目标的的研究特色。数字“2011”和字母“iChEM”之间是写意的地球，象征着中心服务国家能源战略，引领世界化学前沿的目标和决心。